任何事物有利有弊，不能光看其利的一面，而忽略了其弊的另一端。至于加盟连锁店的缺点，则可归纳为下列五项：
　　一、由于连锁企业对于全体的一致性要求严格，加盟店如想完全独立自主是不可能的。
　　二、由于合同书上已有详细的规定，因此加盟店不太可能有自己的创意。当然加盟店可以将好的创意向总 公司反映，也有被接受的可能。如日本的乳酸果地区公司，向美国总公司提议的设计就被接受。
　　三、由于商品及补充配备等，都是标准化、规格化，所以货源补充管道受限。
　　四、由于合同的限制，加盟店如果想将生意转卖给第三者，在未得到总公司同意前，是不被允许的。即使该店的土地及建筑，都是加盟店自身所拥有的。但通常只要原加盟者没有继续经营的意愿，而一切又遵守合同上的规定时，总公司也希望换一位经营意愿高的新加盟店主。
　　五、即使在合同终了之后，如果是从事类似的商业活动，仍是有若干的限制。
　　了解加盟店的特质及其优缺点后，还要认清自已的情况、合同的内容乃至合同背后的营运面所可能产生的种种问题。毕竟加盟连锁事业是基于相互利益的获得而组成的一种行销方式，除了对其特质、优缺点的认识外，双方必须做相互的沟通与了解，进而合作无间，互助互惠.